Iselinge afdelingen er Gåsetårnskolens største afdeling. Afdelingen er placeret i den nordlige ende af Vordingborg by.

På Iselinge afdelingen er der to underafdelinger:

Udskolingen med elever fra 7.-9. klasse. Der er 6 klasser på hver årgang.

Indskoling, mellemtrin og SFO med elever fra 0.-6. klasse. Der er 2 klasser på de fleste årgange og desuden SFO fra 0.-6.klasse.

Iselinge afdelingen har 2 specialklasser, for elever med særlige behov.

Foruden de to afdelinger er skolens øverste ledelse samt administrationen placeret på Iselingeafdelingen.

Iselinge afdelingen er en stor afdeling. SFO og skole er sammenbygget. Der er til afdelingen tilknyttet store grønne arealer og flere udenoms arealer til både store og små elever. Der er derudover en hal.